La estructura del Sistema Institucional de Autoevaluación y Autorregulación de la Fundación Universitaria Los Libertadores articula los diferentes órganos, comités, subcomités y mesas de trabajo, a través de lo que se realizan las estrategias concerniente a la acreditación de programas e institucional.

Hacen parte de los órganos de gobierno la Asamblea General, el Consejo Superior, la Presidencia del Claustro, el Consejo Académico y la Rectoría. Son los órganos de toma de decisión que aprueban las políticas y el proceso de autoevaluación permanente.

Está adscrito a la Rectoría, como ente asesor para orientar las decisiones. Dirige y hace seguimiento, garantizando las capacidades y condiciones que se requieran para el desarrollo de los procesos de planeación y  evaluación institucional con fines de acreditación y renovación de la acreditación, en cada una de sus fases.

Órgano asesor de la Rectoría, que ayuda a tomar decisiones relacionadas con las estrategias y las acciones que garantizan la efectividad del proceso de autoevaluación con fines de acreditación.

Existen doce mesas, cada una de ellas relacionada con los factores expuestos por el Consejo Nacional de Acreditación. Estas doce mesas apoyan el desarrollo de cada uno de los factores, generando la participación de los diferentes estamentos de la comunidad de las diferentes facultades o unidades académicas y administrativas.

Se encarga principalmente de la planeación, ejecución, monitoreo, evaluación e implementación de las acciones de mejora, que contribuyan a fortalecer el desarrollo y la consolidación de los diferentes factores de acreditación de programas e institucional.

Se constituyen cuando alguno de los programas de una facultad se encuentra en el proceso de autoevaluación con fines de acreditación o renovación. Este tiene como fin desarrollar los ejercicios de autoevaluación con fines de acreditación.

Es un órgano que apoya metodológicamente el proceso de acreditación institucional y de programas, en cada una de sus fases, guiando a los diferentes equipos base de cada una de las unidades académicas y administrativas.